In den Klonkriegen (22 VSY - 19 VSY) setzte die Galaktische Republik eine Armee von geklonten Soldaten gegen die Separatisten ein. Da diese Klonkrieger nicht als Generäle eingestzt werden konnten, wurden die Legionen von Jedi angeführt. Die Order 66 war ein Geheimbefehl an die Klone, für den Fall dass die Jedi die Republik verraten würden. Sie besagte, dass alle Jedi nun Feinde der Republik waren und getötet werden mussten.
19 VSY versuchten vier Jedi-Meister, den Obersten Kanzler Palpatine zu töten. Dieser angebliche Verrat an der Republik wurde jedoch von Palpatine selbst in die Wege geleitet um seinen Plan, die Jedi zu vernichten, endlich zu vollenden. Denn Palpatine war ein Sith-Lord und nachdem die Jedi davon erfahren hatten, hatten sie keine andere Wahl als ihn zu töten, da er als Kanzler die Gerichte kontrollierte aber ein freier Sith eine Gefahr für die gesamte Galaxis darstellte. Palpatine überlebte den Mordversuch und erteilte die Order 66. Nachdem sein neuer Schüler, Darth Vader, mit der 501. Legion den Jedi-Tempel angegriffen hatte, erhielten Klonkommandanten überall in der Galaxis den Befehl, ihre Jedi-Generäle zu töten. Der erste war Kommandant Cody, dessen General, Obi-Wan Kenobi, Palpatine schon lange im Weg stand.
Überlebende der Order 66
- Die dunkle Frau
- Obi-Wan Kenobi auf Utapau: Er wurde von einem Geschütz beschossen, stürzte dabei jedoch nur von einer Klippe in einen See und konnte fliehen.
- Ikrit: Er lag zu der Zeit schon seit fast 400 Jahren auf Yavin 4 in einer tiefen Trance.
- Garen Muln auf Acherin: Er konnte sich verstecken und fliehen, doch er starb kurze Zeit später.
- Ferus Olin: Er war zuvor aus dem Orden ausgetreten, fing aber später wieder, an die Macht zu benutzen.
- Vima-Da-Boda: Sie hatte ihre Machtkräfte schon vorher verloren und sich von der Galaxie zurückgezogen.
- Yoda auf Kashyyyk: Er spürte den Tod der anderen Jedi und konnte sich gegen die Klonkrieger verteidigen.